"YoRHa: Протокол высадки в Перл-Харбор. Том 1" запускает эпическую сагу в рамках вселенной NieR: Automata, рассказывая о отчаянной борьбе человечества против инопланетного вторжения. Люди, вынужденные покинуть Землю и найти убежище на Луне, создают армию боевых андроидов, среди которых выделяются женщины-андроиды из отряда YoRHa. Эти боевые машины должны стать решающим фактором в войне, изменить ход конфликта и отвоевать планету для возвращения человечества.
11941 год нашей эры становится решающим моментом в долговременной войне. Встреча с машинными формами жизни, освобожденными инопланетными захватчиками, вызывает ряд проблем и моральных дилемм для андроидов YoRHa, которые разработаны и запрограммированы лишь для боя.
Этот том также размышляет о судьбе и будущем андроидов, которые борются не за собственное существование, а за будущее человеческой расы, ставя под сомнение их место и значение в этой борьбе. Смогут ли они найти свой путь и настоящую цель за пределами боя, который они ведут?